Исследование посвящено развитию механизмов управления межмуниципальным сотрудничеством в городских агломерациях, функциональные социально-экономические и инфраструктурные связи которых выходят за административные границы отдельных муниципальных образований. Цель исследования состоит в разработке организационно-финансового подхода к координации совместных инфраструктурных проектов муниципалитетов с учётом их фактического участия в финансировании, предоставлении ресурсов и последующей эксплуатации объектов. Методологическую основу составили системный, институциональный и сравнительный подходы, анализ современной научной литературы и нормативно-правовых механизмов межмуниципального сотрудничества. Выделены основные проблемы агломерационного взаимодействия: несовпадение функциональных и административных границ, распределение инфраструктурных расходов между муниципалитетами, неоднородность их бюджетных возможностей, сложность согласования долгосрочных проектов и недостаточность совместного мониторинга. Предложена модель межмуниципального соглашения, включающая определение общего инфраструктурного результата, матрицу участия и нагрузки муниципалитетов, механизм софинансирования, порядок координации и систему мониторинга. Обосновано, что оценку инфраструктурного вклада следует использовать прежде всего для согласования долей финансирования и компенсации расходов в рамках предусмотренных законодательством механизмов, а не для автоматического перераспределения налоговых поступлений. Сделан вывод о том, что устойчивость межмуниципального сотрудничества определяется прозрачностью распределения затрат и выгод, стабильностью финансовых обязательств, качеством данных и регулярностью совместной оценки результатов.